علی اکبر هاشمی رفسنجانی یکی از نفراتی بود که پس از آغاز اعدامهای گسترده در سال ۶۰، از این اعدام ها حمایت می کرد و یکی از اسنادی که در این رابطه وجود دارد به نقل از روزنامه اطلاعات ۱۱مهر سال ۱۳۶۰ می باشد که وی گفته بود: بر طبق فرامین الهی ۴حکم بر اینها (مجاهدین)لازم الاجراست:
۱- کشته شوند؛
۲- به دار کشیده شوند؛
۳- دست و پایشان قطع شود؛
۴- اینها از جامعه جدا بشوند.
ضمنا بر این موضوع هم تاکید کرده بود که: «اگر آن روز (منظور در ابتدای انقلاب است) ۲۰۰نفر از اینها را می گرفتیم و اعدامشان می کردیم امروز این قدر نمی شد. اگر امروز با قاطعیت در مقابل این گروهک های مسلح منافق و عمال آمریکا و شوروی نایستیم، ۳سال دیگر به جای ۱۰۰۰نفر اعدام باید چندین هزار نفر را اعدام بکنیم.
همچنین اکبر رفسنجانی روز ۱۱آذر سال ۱۳۶۷ در خبرگزاری حکومتی، پس از اینکه چهارمین قطعنامه محکومیت نظام در کمیته سوم مجمع عمومی ملل متحد به خاطر قتل عام بیش از سی هزار زندانی سیاسی در زندانها صادر شده بود، یک موضع‌گیری به قرار زیر انجام داد:
اعدام های ادعا شده فقط شایعات تبلیغاتی هستند که هدفشان پوشاندن بحران های داخلی سازمان مجاهدین و خارج کردن این سازمان از بن بست هست. و در روز ۱۲آذر ۱۳۶۷ روزنامه رسالت نوشت: این تبلیغات کذب و عجیب و غریبی که در اروپا و کشورهای غربی مجاهدین به راه انداخته اند که چند هزار نیروهای اینها در ایران اعدام شده است. هدفشان این است که خودشان را از بن بست بیرون بیاورند.