اختلاف میان قوه قضائیه و دولت یازدهم نه تازه است نه ناآشنا. پرونده بابک زنجانی این اختلاف‌ها را علنی‌تر از پیش کرده و به حد اتهام‌زنی و جدل صریح میان رئیسان دو قوه رسانده است.
در روزهای گذشته پرونده بابک زنجانی که به اتهام‌هایی نظیر بدهی به وزارت نفت و اختلال در نظام اقتصادی "مفسد فی‌الارض" شناخته و به اعدام محکوم شده دلیل یا بهانه‌ای شده که رئیس دولت یازدهم و رئیس قوه قضائیه و شماری از شخصیت‌های ارشد این دو قوه به شکل کم‌سابقه‌ای به هم بتازند.
یکی از محورهای اختلاف‌های اخیر سخنان حسن روحانی است که می‌گوید با اعدام زنجانی تکلیف بدهی‌های او روشن نمی‌شود و قوه قضائیه باید به ابهام‌ها و پرسش‌های افکار عمومی درباره این پرونده پاسخ گوید.
بابک زنجانی در دولت دوم محمود احمدی‌نژاد یکی از چهره‌های کلیدی دور زدن تحریم‌ها بوده و به گفته حسن روحانی حدود دو میلیارد و ۷۰۰ میلیون دلار به وزارت نفت بدهکار است که با حساب سود آن این بدهی به سه و نیم میلیارد دلار می‌رسد.
درخواست معرفی حامیان زنجانی
سخنان روحانی در مورد پرونده زنجانی با واکنش بسیار تند صادق آملی لاریجانی روبرو شد که از سوی رهبر جمهوری اسلامی به ریاست قوه قضائیه منصوب شده است.
رئیس جمهور هشتم دی‌ماه در نشست جامعه نظارت و بازرسی دولت گفته بود: «اگر یک نفر به تنهایی سه میلیارد دلار را به جیب می‌زند باید پرسید به کجا وصل بوده، چه کسانی شریکش بودند و در چه رده و درجه‌ای قرار داشتند، چگونه نفت و اموال در اختیار یک نفر قرار گرفته و صد‌ها میلیون دلار را به یک نفر داده‌اند.»
او می‌گوید برای مردم هنوز مشخص نشده که با اعدام زنجانی تکلیف بدهی‌های او چه می‌شود، و چه کسانی در این ماجرا دست داشته‌اند و قوه قضائیه باید پاسخ‌گوی مردم باشد.
صادق لاریجانی ۱۳ دی ماه در واکنش به این سخنان، حمله به قوه قضائیه "بدون اطلاع یا با اطلاع و با مقاصد سوء" را غیرقابل قبول خواند و گفت: «اینکه گاهی گفته می‌شود پشت پرده این پرونده چرا معلوم نشده و چرا قوه قضائیه پاسخگو نیست، حرف نادرستی است.»