او یکی از ده‌ها چهره اصلاح‌طلبان بود که حکومت ایران به تلاش برای "براندازی نرم" متهم کرده بود، اتهاماتی که اصلاح‌طلبان آن را بی‌پایه خوانده‌اند.
وبسایت کلمه، که اخبار مربوط به میرحسین موسوی و معترضان به نتایج انتخابات ۱۳۸۸ را منتشر می‌کند، ضمن خبر دادن از آزادی مصطفی تاج زاده نوشته او اکثر دوران حبس خود را که حدود هفت سال بود در زندان انفرادی که سپاه پاسداران برای او تدارک دیده بود، گذرانده است.
اتهام اولیه این مقام دولتی سابق در ایران که نخستین بار روز ۲۳ خرداد سال ۱۳۸۸ (یک روز بعد از انتخابات ریاست جمهوری) بازداشت شده بود "اجتماع و تبانی به قصد برهم زدن نظم عمومی، تبلیغ علیه نظام، توهین به مسئولان و نگهداری اسناد محرمانه" بود.
آقای تاج‌زاده تابستان همان سال در کنار گروه بزرگی از معترضان بازداشت شده پس از انتخابات ۸۸ در دادگاه حاضر شد.
پس از آن طی دو جلسه دیگر در آذر و بهمن ماه همان سال محاکمه شد اما در حرکتی اعتراضی هرگز از خود دفاع نکرد.
او در دادگاه گفته بود تا زمانی که به شکایت او علیه احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان رسیدگی نشود نیازی به حضور در دادگاه و دفاع از خود نمی‌بیند.
شکایت آقای تاج زاده از آقای جنتی به ابطال ۷۰۰ هزار رای در جریان اعلام نتایج انتخابات مجلس ششم مربوط می‌شد که به گفته آقای تاج زاده باعث جابجایی در فهرست نمایندگان راه یافته به مجلس در حوزه انتخاباتی تهران شده بود.
مصطفی تاج زاده، عضو شورای مرکزی جبهه مشارکت و از اعضای شورای مرکزی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی است.
این دو تشکل سیاسی اصلاح‌طلب در دهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری ایران از نامزدی میرحسین موسوی حمایت کردند.