در پی انتشار اخباری مبنی بر اختلاف میان اعضای شورای نگهبان و سخنان بی‌سابقه نجات الله ابراهیمیان سخنگوی این شورا پیرامون تصمیمات اقلیتی قدرتمند در آن شورا به نام ۱۲ عضو آن، رهبر ایران در نامه‌ای تند خطاب به اعضای شورای نگهبان از انتشار اختلاف‌های آن شورا و علنی کردن مسائل آن در رسانه‌ها گلایه کرده است.
منابع «سحام» تاکید کرده‌اند که مهمترین محور اختلاف اعضای شورای نگهبان با احمد جنتی، مربوط به موضوع احراز صلاحیت سیدحسن خمینی بوده است.
در جریان این پرونده جنتی در جلسه فقهای شورای نگهبان با صراحت از رد صلاحیت افراد شاخص حوزوی به دلیل گرایش‌های سیاسی آنان دفاع کرده و اجازه تجدیدنظر را از دیگر فقهای آن شورا سلب نموده است.
زمانی‌که محمد یزدی رئیس فعلی مجلس خبرگان و عضو شورای نگهبان از ملاقاتش با سیدحسن خمینی و مباحثه‌ای که با وی داشته، سخن می‌گوید و در پایان یادگار امام را «مجتهدی قابل» می‌خواند، اختلاف او و دیگر اعضای شورای نگهبان با احمد جنتی به اوج خود می‌رسد.
در مقابل سخنان محمد یزدی و تایید محمد مومن، احمد جنتی صریحا اعلام می‌کند که تحت هیچ شرایطی حاضر به گرفتن رای مجدد پیرامون صلاحیت سیدحسن خمینی نیست. او صریحا می‌گوید این شورا نباید صلاحیت سیدحسن خمینی را احراز کند.
منابع «سحام» تاکید کرده‌اند که درگیری لفظی میان محمد یزدی با احمد جنتی آن‌چنان بالا گرفته که حال آقای یزدی در پایان این جلسه به هم می‌خورد و پزشکی برای معاینه وی به جلسه آورده می‌شود.
از این رو جلسه با ناراحتی اعضا پایان می‌پذیرد و پس از آن سخنگوی این شورا از تصمیمات یک‌نفره جنتی به نام شورای نگهبان می‌گوید که این سخنان وی مورد انتقاد رهبر ایران قرار گرفته است.
نجات‌الله ابراهیمیان عضو حقوقدان شورای نگهبان گفته بود: هیچ اطلاعی از کم و کیف بررسی صلاحیتهای خبرگان ندارم.
ابراهیمیان همچنین گفته بود: برای بررسی صلاحیت نامزدهای خبرگان همچون بررسی صلاحیت نامزدهای مجلس اعمال نمی‌شود و نه تنها حقوقدان‌های شورا در بررسی صلاحیت خبرگان دخالت داده نمی‌شوند بلکه همه شش نفر از فقهای شورا هم درگیر این موضوع نشده‌اند.
ابراهیمیان در این مصاحبه تصریح کرده بود که «در قانون انتخابات مجلس خبرگان رهبری هم این موضوع تصریح شده اما در عمل زمینه این نظارت توسط دبیر محترم شورای نگهبان هنوز فراهم نشده است. منتظرم تا زمینه این نظارت فراهم شود تا پس از اطلاع از فرایند و چگونگی احراز صلاحیت‌ها، اظهار نظر کنم … علتی که تاکنون درباره انتخابات مجلس خبرگان اظهار نظر نکردم این است که هنوز این نظارت استصوابی توسط دبیر محترم شورا فراهم نشده است و اگر ان شاءالله در آینده ایشان زمینه طرح موضوع و بررسی شیوه احراز صلاحیت‌ها را در جمع ۱۲ نفره مشخص کردند، من هم اطلاعات به میزانی که بدانم در اختیار رسانه‌ها قرار خواهم داد.»
مصاحبه سخنگوی شورای نگهبان معین کرد که برخی از اعضای این شورا از روند حاکمیت فردی در آن شورا تا چه اندازه ناخرسندند و نمی‌خواهند بار مسئولیت آن را بپذیرند. این خبر همچنین حکایت از هماهنگی برخی از مراکز قدرت با دبیر شورای نگهبان در جهت حذف رقبا دارد. تصمیمات خاص توسط مجری پروژه خاص اعمال می‌گردد.